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口腔內的細菌種類繁多，但一般情況下口腔不發生疾病，原因是因為口腔有防御機制。口腔的防御機制包括口腔解剖和生理屏障作用、體液抗體和細胞中介反應、白細胞與巨噬細胞的吞噬作用。

一、 口腔解剖和生理屏障作用：具有生理屏障作用的有以下幾方面：

1、 口腔粘膜：是由復層鱗狀上皮組成的。在正常生理狀態下，上皮細胞不斷更新，新生上皮組織代替角化上皮組織，口腔細菌可因角化上皮被替換而脫落到唾液中，隨痰排出口腔。這個新陳代謝的作用起到了限制細菌數量和種類的作用。

2、 咀嚼和吞咽動作是口腔的一種保護功能。附著在牙齒咬合面的細菌，通過咀嚼食物，隨同食物和唾液一起被吞咽下去。

3、 牙齒的保護功能是通過牙本質生長形成的，并起到保護牙髓的作用。

4、 唾液的防御功能是由于唾液中含有溶菌酶，而溶菌酶具有抗菌特性。

5、 齦溝液是炎癥性分泌物，具有保護牙齦的作用。齦溝液攜帶脫落上皮向外移出口腔，阻礙微生物進入溝底，對預防牙齦疾病有密切關系。齦溝液中還含有尿素，而尿素能抑制牙菌斑形成。

二、 體液抗體和細胞中介反應：抗體是由抗原刺激產生的，抗原可以是細菌，也可以是口腔某種損傷物質。不同的抗原產生不同的抗體，醫學上稱為特異抗體。

三、 細胞中介反應：即細胞免疫反應。細胞特指T細胞，T細胞在免疫過程中，起到中間介導作用。

四、 白細胞的吞噬作用：具有吞噬細胞功能的細胞主要是指白細胞。吞噬功能大小與細胞數量有關。白細胞的數量在清晨和夜間最低，白天增加。它有助于控制口腔微生物，是口腔的主要防御屏障。